Farrell sinh ra tại Castleknock, Dublin, Ireland, với mẹ là Rita (tên cũ Monaghan) và cha là Eamon Farrell. Cha anh chơi bóng đá cho Shamrock Rovers FC và quản lý một cửa hàng đồ ăn.[1][4] Chú anh, Tommy Farrell, cũng chơi cho câu lạc bộ Shamrock Rovers. Farrell có một người anh trai, Eamon, Jr.,[5] và hai người em gái, Claudine và Catherine. Claudine làm trợ lý cá nhân cho anh.[6][7][8] Farrell theo học tiểu học tại Trường Công St. Brigid, sau đó học trung học ở Cao đẳng Castleknock, một trường tư chỉ dành cho nam sinh, rồi đến Cao đẳng Gormanston ở Hạt Meath. Anh thử giọng cho ban nhạc Ireland Boyzone vào khoảng thời gian này, nhưng không thành công.[7]

Farrell được truyền cảm hứng diễn xuất từ màn trình diễn của Henry Thomas trong E.T. Sinh vật ngoài hành tinh khiến anh khóc vì xúc động.[9] Được sự ủng hộ của anh mình, anh theo học Trường Diễn xuất Gaiety, rồi bỏ học khi được đóng vai Danny Byrne trong Ballykissangel, một loạt phim của BBC về một mục sư người Anh trẻ tuổi trở thành một phần của cộng đồng nông thôn Ireland.[10] Năm 18 tuổi khi đang du lịch ở Sydney, anh từng bị tình nghi về tội giết người không thành công.[11] Bản vẽ phác của cảnh sát trông rất giống anh và anh thậm chí còn bị cho là say trong đêm tình nghi ấy. Bằng chứng ngoại phạm duy nhất của anh là một quyển nhật ký của một người bạn ghi rằng cả hai vào thị trấn đêm hôm đó, chơi thuốc lắc.[12]